こちらはミッション飛行時におけるアプリ画面上に表示される機体の高度数値表示に関係する項目です。
通常の初期選択されている「機体と離陸地点の高さの差」を使用すると、 飛行中のアプリ画面に表示される高度は選択項目の通り、「離陸地点からの高さ」 を表示しますが、「高度(EMG96)」を選択するとジオイドによる地球の平均海水面 の情報を基に機体の絶対高度と楕円体高度を確認することが可能になります。
しかし、飛行そのものには特に影響などは出ません。