はい、バッテリーの充電は、充電用ポート(下記画像1参照)からしか充電できません。
USBポート(下記画像2参照)は、モバイル端末の充電などに使用する、USB用給電出力ポートとなります。
※注意・・・DJI Phantom 3用やOsmo用の57Wバッテリー充電器は、DJI CrystalskyバッテリーとUSBポートに接続した機器を同時充電するほどの電力がありません。
Crystalskyバッテリー充電中は、USBポートで別の機器を充電しないでください。